Der Prüfung durch den ORH unterliegt die gesamte Haushalts- und Wirtschaftsführung des Freistaats Bayern, seiner Verwaltungen, Gerichte, Betriebe und Sondervermögen. Kraft Gesetz sind noch weitere Einrichtungen außerhalb des Staates seiner Prüfung unterworfen. Der Begriff Haushaltsführung umfasst den Vollzug des Haushaltsgesetzes und die Ausführung des Haushaltsplans des Freistaats Bayern auf der Einnahmen- und Ausgabenseite. Unter Wirtschaftsführung ist die finanzwirtschaftliche Betätigung des Staates außerhalb des Haushaltsplans zu verstehen.

Zum Bereich Haushalts- und Wirtschaftsführung rechnet man alles, was den Freistaat Bayern Geld kostet oder kosten kann. Deshalb sind Prüfungsgegenstand des ORH auch die Verwaltungsorganisation und personalwirtschaftliche Maßnahmen.

Art. 89 Abs. 1 BayHO zählt die Prüfungsgegenstände enumerativ und abschließend auf. Es sind die Einnahmen und Ausgaben des Staates, seine Leistungsverpflichtungen, sein Vermögen und die Schulden. Ferner gehören alle Maßnahmen dazu, die zwar abgeschlossen sind, sich aber erst in Zukunft finanziell auswirken.

Der ORH prüft auch bei Stellen außerhalb der Staatsverwaltung, insbesondere wenn diese Stellen vom Staat Aufwendungsersatz oder Zuwendungen erhalten (Art. 91 Abs. 1 und 2 BayHO). Gewährt der Staat Kredite oder übernimmt er Bürgschaften, Garantien oder sonstige Gewährleistungen, begründet auch dies ein Prüfungsrecht des ORH (Art. 91 Abs. 3 BayHO).

Ist der Staat an privatrechtlichen Unternehmen beteiligt, prüft der ORH die Betätigung des Staates unter Beachtung kaufmännischer Grundsätze (Art. 92 BayHO).

Für die überörtliche Prüfung der Kommunen (Gemeinden, Landkreise, Bezirke und sonstige kommunale Körperschaften, Anstalten und Einrichtungen, wie z.B. Zweckverbände) sind der Bayerische Kommunale Prüfungsverband oder die Staatlichen Rechnungsprüfungsstellen bei den Landratsämtern zuständig.

Für die Prüfung der landesunmittelbaren Sozialversicherungsträger, deren Verbände und sonstiger Vereinigungen auf dem Gebiet der Sozialversicherung (z.B. Kassenärztliche Vereinigung) ist das Bayerische Landesprüfungsamt für Sozialversicherung im Bayerischen Staatsministerium für Gesundheit und Pflege zuständig.